Powstaniu Muzeum II Wojny Światowej towarzyszyła idea utworzenia instytucji, która ukazywałaby drugą wojnę światową, łącząc perspektywę polską z doświadczeniami innych narodów europejskich. Muzeum II Wojny Światowej zostało powołane 26.11.2008 r., a na siedzibę instytucji wybrano Gdańsk. 1 września 2010 r. został rozstrzygnięty międzynarodowy konkurs na koncepcję architektoniczną budynku muzeum. Przyszła siedziba zaprojektowana przez gdyńskie studio architektoniczne "Kwadrat", powstanie przy ul. Wałowej.

Od początku istnienia Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku oprócz działalności ściśle muzealnej, polegającej na gromadzeniu i opracowywaniu eksponatów oraz pracy koncepcyjnej nad wystawą główną, prowadzi działalność naukową i edukacyjną. Muzeum wydaje publikacje naukowe, organizuje wykłady otwarte, konferencje, debaty publiczne, projekty edukacyjne. Organizuje między innymi comiesięczne wykłady otwarte – "Spotkania z historią", do których prowadzenia zaprasza historyków zajmujących się wybranymi aspektami drugiej wojny światowej. Wśród podejmowanych działań edukacyjnych można wymienić oprowadzanie grup szkolnych po Westerplatte, przeglądy filmowe dla uczniów szkół ponadpodstawowych "Taśmy o wojnie", warsztaty fotograficzne i dziennikarskie dla młodzieży, organizacja Europejskiej Nocy Muzeów na Westerplatte, inscenizacje historyczne związane z II wojną światową, organizacje szkoleń dla rekonstruktorów i eksploratorów.

Uroczyste otwarcie Muzeum II Wojny Światowej planowane jest na 2014 r. Budynek muzeum ma mieć w sumie około 23 tys. mkw. powierzchni. Wystawa główna Muzeum ma zająć przeszło 5 tys. mkw. powierzchni. W nowoczesny sposób ma ona prezentować II wojnę światową zarówno z perspektywy ówczesnej wielkiej polityki i przede wszystkim przeżyć zwykłych ludzi. Ekspozycja ma pokazywać nie tylko losy Polaków, ale też doświadczenia innych narodów.

Poza wystawą stałą w muzeum znajdzie się także przeszło tysiąc metrów powierzchni na wystawy czasowe. Oprócz funkcji wystawienniczych Muzeum ma pełnić rolę ośrodka edukacji, kultury i nauki. Placówka będzie prowadzić badania naukowe oraz pełnić funkcję centrum spotkań krajowych i międzynarodowych.

Muzeum w 2009 r. przygotowało i otworzyło wystawę plenerową na Westerplatte pt. "Westerplatte: Kurort – Bastion – Symbol". Celem wystawy jest przekazanie zwiedzającym kompleksowej wiedzy o trzystuletnich dziejach tego miejsca. Narracja w dwóch wersjach językowych - polskiej i angielskiej - wychodzi naprzeciw potrzebom turystów zagranicznych, a nowoczesna forma wizualna wystawy, będąca kompromisem pomiędzy plakatem a opisem historycznym, pozwala zwiedzać to miejsce pamięci narodowej w sposób ciekawy,  i jednocześnie pogłębić wiedzę historyczną.